Ivan Kopjar za predsjednika Hrvatskog Crvenog križa izabran je 3. lipnja 1991. Njegov dolazak na tu funkciju obilježen je početkom Domovinskog rata, pa se snažno zalagao za istupanje Hrvatskog Crvenog križa iz sustava Crvenog križa Jugoslavije. To se i dogodilo 10. listopada 1991., svega dva dana nakon odluke Sabora RH o suverenosti i samostalnosti Hrvatske. Otad Hrvatski Crveni križ djeluje pod tim nazivom kao samostalno Nacionalno društvo. Zakonom o Hrvatskom Crvenom križu, Sabor Republike Hrvatske 19. prosinca 1991. priznao je Hrvatski Crveni križa kao Nacionalno društvo Crvenog križa u Republici Hrvatskoj. Ubrzo su i Međunarodni odbor Crvenoga križa, kao i Međunarodna federacija društava Crvenoga križa i Crvenoga polumjeseca priznali Hrvatski Crveni križ kao punopravnog člana Pokreta.
Obnašajući dužnost prvog predsjednika HCK u ratnim godinama, Ivan Kopjar pokazao je iznimnu hrabrost, ali i veliku humanost pomažući tisućama ljudi koji su bježali od ratnih sukoba. Sudjelovao je u prihvatu i smještaju prognanika i izbjeglica, kao i osiguranju humanitarne pomoći za njih, organizirao je pregovore sa sukobljenim stranama kako bi se pronašle nestale i zatočene osobe, sudjelovao je u razmjenama ratnih zarobljenika, kao i na ekshumaciji masovnih grobnica i ustupanju posmrtnih ostataka.
Dužnost predsjednika Hrvatskog Crvenog križa obnašao je do 1. prosinca 1992., a nakon toga postaje potpredsjednik HCK i na toj se funkciji zadržao sve do odlaska u mirovinu 27. ožujka 2001. I nakon mirovine ostaje vjeran Crvenome križu te sudjeluje u radu brojnih aktivnosti kao volonter, a nakon mirovine nastavio je obnašati i dužnost člana Skupštine Hrvatskog Crvenog križa. U prosnicu 2017. godine dodijeljen mu je Velered HCK, najviše priznanje Hrvatskog Crvenog križa.
